เมื่อปี พ.ศ.๒๕๒๒ ครูบาชัยยะวงศาได้พาคณะศิษย์ไปที่วัดพระพุทธบาทตะเมาะ ซึ่งขณะนั้นมีพระชาวต่างชาติมาจำพรรษาอยู่ ท่านได้เล่าให้ฟังว่า ครูบาอภิชัยขาวปีเป็นผู้สร้างวัดแห่งนี้ และจำพรรษาอยู่ที่วัดนี้ ตั้งแต่ประมาณปี พ.ศ. ๒๔๖๗ รวมเวลาที่ท่านจำพรรษาอยู่ที่วัดนี้ ๓๓ ปี คำว่า “ตะเมาะ” นั้น เป็นคำพูดที่เพี้ยนมาจากคำว่า “เต่าหมอบ” เพราะที่วัดมีก้อนหินที่มีลักษณะคล้ายเต่าหมอบอยู่เป็นจำนวนมาก เมื่อพูดคำว่าเต่าหมอบ นานเข้าจึงเพี้ยนเป็น ตะเมาะ

ครูบาชัยยะวงศาได้บูรณะสถานที่สำคัญหลายแห่งภายในวัด เช่น มณฑป ๙ ยอดครอบรอยพระพุทธบาทฯลฯ และครูบาชัยยะวงศาได้มาช่วยครูบาอภิชัยขาวปีก่อสร้างเป็นเวลา ๕ ปี สิ่งก่อสร้างที่เหลือไว้ให้อนุชนรุ่นหลังได้ชื่นชมอีกอย่างก็คือ กำแพงซึ่งทำจากหินล้วน ไม่มีการใช้ปูนแต่อย่างใด กำแพงหินดังกล่าวเป็นแนวยาว ๒ ชั้น แต่ละชั้นยาวประมาณ ๑๐๐ เมตร

นอกจากแนวกำแพงหินแล้ว ในปี พ.ศ.๒๕๐๐ ครูบาชัยยะวงศายังได้สร้างมณฑปไม้ไว้ด้วย มณฑปนี้เป็นรูปทรงล้านนา และทำจากไม้ทั้งหลัง ซึ่งปัจจุบันจะหาช่างทำได้ยาก เพราะมณฑปทั้งหลัง ใช้การเข้าลิ่มสลักด้วยไม้ทั้งสิ้น จะใช้น็อตเหล็กยึดเพียงไม่กี่ตัว ครูบาชัยยะวงศาเล่าให้ฟังว่า มณฑปนี้เป็นสิ่งก่อสร้างที่ล้ำค่าสำหรับท่าน เพราะต้องผจญกับอุปสรรคต่าง ๆ นานับประการ เนื่องจากเขตวัดพระพุทธบาทตะเมาะขึ้นกับจังหวัดเชียงใหม่ ในขณะนั้นทางการจังหวัดเชียงใหม่เข้มงวดเรื่องป่าไม้มาก แม้จะนำมาสร้างเป็นถาวรวัตถุในพระพุทธศาสนาก็ยังเป็นการลำบาก

เหตุที่ครูบาชัยยะวงศาไม่สามารถจำวัดและให้คณะศรัทธาพักที่วัดพระพุทธบาทตะเมาะได้ เนื่องจากขณะนั้นครูบาศรีวิชัยต้องอธิกรณ์ ซึ่งเจ้าหน้าที่และคณะสงฆ์ของจังหวัดเชียงใหม่มีความเข้มงวด ในระหว่างที่กำลังก่อสร้างอยู่นั้น ศิษย์ของครูบาอภิชัยขาวปีเกิดมีเรื่องกับเจ้าหน้าที่และคณะสงฆ์ของบ้านเมือง จนกระทั่งพระปันถูกจับสึกให้นุ่งห่มขาว (ครูบาขาวคำปัน) เป็นเหตุให้ครูบาอภิชัยขาวปี ต้องย้ายจากวัดพระพุทธบาทตะเมาะไปอยู่วัดพระธาตุห้าดวง และ วัดพระพุทธบาทผาหนาม ซึ่งอยู่ในเขตอำเภอลี้ จังหวัดลำพูน และเมื่อสร้างมณฑปเสร็จแล้ว ก็ทำการฉลองกันอย่างรีบเร่ง เมื่อฉลองเสร็จครูบาชัยยะวงศาก็ติดตามครูบาอภิชัยขาวปีไปพำนักยังสถานที่อื่นเพื่อสร้างบารมีต่อไป
หลังจากเหตุการณ์สงบลงแล้ว คณะศรัทธาเคยอาราธนานิมนต์ให้ครูบาอภิชัยขาวปีกลับไปที่วัดพระพุทธบาทตะเมาะ แต่ท่านก็ไม่รับนิมนต์ และบอกว่า “อีกหน่อยจะมีตุ๊ใต้มาอยู่กันเป๊อะเรอะ” (พระภาคใต้มาอยู่กันมาก ภาคใต้ตามความหมายของคนเหนือคือ นับจากภาคกลางของประเทศไทยลงไปเป็นภาคใต้ทั้งหมด) ส่วนครูบาชัยยะวงศาท่านบอกว่า “ถ้าไม่ได้มาอยู่ที่วัดพระพุทธบาทห้วยต้ม อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน ก็จะมาอยู่ที่วัดพระพุทธบาทตะเมาะแห่งนี้”
ในอดีต วัดพระพุทธบาทตะเมาะเป็นวัดที่มีความเจริญรุ่งเรืองอย่างมาก โดยเฉพาะสมัยครูบาอภิชัยขาวปีได้มาจำพรรษา มีคณะศรัทธาญาติโยมทั้งชาวไทยและชาวเขากระเหรี่ยง มาร่วมกันทำบุญเป็นจำนวนมาก มีการก่อวิหาร ที่พักของพระสงฆ์ และเสนาสนะอื่น ๆ ภายในวัด นอกจากนี้ ครูบาอภิชัยขาวปียังได้รับนิมนต์ไปก่อสร้างสาธารณประโยชน์ที่อื่นอีกมาก ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๐๐ ครูบาอภิชัยขาวปีไปจำพรรษาอยู่ที่วัดอื่น ซึ่งภายหลังที่ท่านจากวัดพระพุทธบาทตะเมาะไปแล้ว วัดก็ค่อย ๆ เสื่อมโทรมลงจนกลายเป็นวัดร้างในที่สุด

ปัจจุบันมีพระมหานภดล สิริวฑฺฒโน เป็นเจ้าอาวาสที่วัดพระพุทธบาทตะเมาะได้ ๒๗ ปี ตอนนี้ทางวัดมีโครงการที่จะจัดทำสำนักปฏิบัติธรรมนานาชาติ ซึ่งปัจจุบันมีพระภิกษุชาวญี่ปุ่นอยู่ ๒ รูป